Desde la tribuna de la Cámara de Diputados, el Subcomandante Marcos solicitó se respetarán los «Acuerdos de San Andrés sobre Derechos y Cultura Indígenas». Era 2001, cuando la Marcha de los 1111 zapatistas con Marcos al frente llegaban a la Ciudad de México, después de haber recorrido todo el país.
Los Acuerdos de San Andrés eran el resultado de las negociaciones entre el EZLN y el gobierno federal, se habían firmado en 1996, con el propósito de establecer autonomía a los pueblos indígenas del país, pero nunca fueron respetados, ni se convirtieron en ley.
El Subcomandante del EZLN lucia confiado mientras hablaba ante los diputados; Andrés Manuel López Obrador era entonces jefe de Gobierno del Distrito Federal, y era el líder más importante del Partido de la Revolución Democrática (PRD), el acuerdo del partido político y la comandancia del EZLN estaba hecho, los Acuerdos de San Andrés serían apoyados y aprobados por el PRD.
Sin embargo, el Congreso aprobó una Ley Indígena completamente diferente a lo que se había acordado con la comandancia del EZLN, por ese motivo los zapatistas rompieron definitivamente el diálogo con el gobierno federal.
El PRD que se suponía apoyaría para que los Acuerdos de San Andrés fueran ley, votaron a favor de la iniciativa presentada por Vicente Fox.
El EZLN dijo que fue traicionado, pues lo aprobado era una contrarreforma. Tres reacciones fueron desde ese momento las que tuvieron los zapatistas:
-Se retiraron de la vida pública y los medios de comunicación.
-Prohibieron el acceso a sus comunidades durante años.
-Mostraron desconfianza a todo lo que se relacionara con Andrés Manuel López Obrador.
En enero de 2003, una de las cartas del Subcomandante Marcos hablaba así de AMLO y su deseo de ser candidato a la presidencia de México en 2006:
“Hombre extraordinariamente hábil y pragmático, López Obrador ha concebido (al igual que en su tiempo Cárdenas Solórzano) la jefatura del Gobierno del Distrito Federal como trampolín para la silla presidencial. Pero hay una diferencia fundamental respecto a Cárdenas: López Obrador gobierna, y gobernando construye alianzas y pactos, coopta o destruye críticas y oposiciones, cultiva contactos, halaga pensamientos que pudieran cuestionarlo y, sobre todo, hace méritos para convencer al gran elector: el poder del dinero.
Al frente del gobierno de la ciudad de México, López Obrador está demostrando que una de las artes de la política moderna, el arte de la simulación puede ser todavía efectiva…”.
El 9 de febrero de 1995, Ernesto Zedillo, siendo presidente de México, por medio de un mensaje en red nacional desenmascara al Subcomandante Marcos, dando a conocer su verdadero nombre: Rafael Sebastián Guillén Vicente.
En una carta fechada el 2 de febrero de 1995, con un sello de confidencial y dirigida a Esteban Moctezuma, secretario de gobernación en ese momento, el Subcomandante Marcos escribe:
«Recuerde que, en la entrevista del 15 de enero de 1995, usted me dijo que muchos pensaban que sólo estábamos ganando tiempo, con lo del diálogo y que yo le respondí que nosotros pensábamos que usted estaba ganando tiempo para preparar la solución militar. Tal vez esto último sea la verdad y tal vez entre las condiciones secretas pactadas por el señor Zedillo para el préstamo de Estados Unidos esté la de aniquilarnos. Si esto -es así, pues pueden proceder ustedes cuando gusten. Nosotros combatiremos hasta el último hombre.
Si todo es un pretexto para la acción militar, lamento que el régimen del señor Zedillo haya decidido mancharse las manos con sangre indígena y que usted sea cómplice de esta barbarie».
Así pues, el enfrentamiento entre Andrés Manuel López Obrador y el Subcomandante Marcos no es reciente, y la mala opinión que Rafael Guillen tiene de Esteban Moctezuma, no ha cambiado desde 1995.
Una vez que se conoció el rumor de un acercamiento entre el EZLN y Andrés Manuel López Obrador, por intermediación de Alejandro Solalinde. La organización zapatista por medio del Subcomandante Insurgente Moisés, firmo un comunicado que en dos de sus puntos dice:
SEXTO: EL EZLN TIENE YA LA AMARGA EXPERIENCIA DE ACEPTAR EL CONTACTO CON UN SEÑOR QUE DESPUÉS SERÍA DECLARADO PRESIDENTE ELECTO. NOS REFERIMOS AL SEÑOR ERNESTO ZEDILLO PONCE DE LEÓN, QUIEN APROVECHÓ ESOS CONTACTOS INICIALES PARA PLANEAR EL ANIQUILAMIENTO DE LA DIRIGENCIA ZAPATISTA DE ENTONCES. QUIEN OPERÓ ESA TRAICIÓN, EL SEÑOR ESTEBAN MOCTEZUMA BARRAGÁN, ES AHORA UNO DE LOS PROPUESTOS PARA FORMAR PARTE DEL GOBIERNO QUE SUPUESTAMENTE HABRÁ DE TOMAR POSESIÓN EL 1 DE DICIEMBRE DEL 2018, NO ANTES. IGNORAMOS SI AHORA EL SEÑOR SOLALINDE PRETENDE RELEVAR AL SEÑOR MOCTEZUMA BARRAGÁN EN LAS FUNCIONES QUE TUVO CON ZEDILLO.
SÉPTIMO: NO ES DE NUESTRA INCUMBENCIA, PERO MAL HACEN, QUIENES SE AUTODENOMINAN “EL CAMBIO VERDADERO”, AL ARRANCAR CON MENTIRAS, CALUMNIAS Y AMENAZAS. YA LO HICIERON CON LO DEL PAPA, AHORA CON EL EZLN. ESTÁN REPITIENDO LOS “USOS Y COSTUMBRES” DE QUIENES DICEN HABER QUITADO DEL GOBIERNO.
El enfrentamiento entre EZLN y AMLO seguirá, lo cierto es que Rafael Sebastián Guillén Vicente ya ha tenido razón en algunos de sus pronósticos políticos con respecto a Andrés Manuel López Obrador.
El Subcomandante Marcos en una carta dirigida al filósofo Luis Villoro Toranzo en diciembre de 2011, escribe:
“Que (López Obrador) no crea en serio que los empresarios lo van a apoyar, que Los Chuchos no lo van a traicionar, que el PT y el Movimiento Ciudadano son partidos de izquierda, que Televisa está cambiando, que su interlocutor privilegiado en Chiapas debe ser el priismo (como antes lo fue el sabinismo). Incluso que crea que es más inteligente que todos ellos y que los va a embaucar a todos simulando que les sirve, o intercambiando usos y costumbres en el imposible juego político de ‘todos ganan’ y ‘amor y paz’”.